Κατά τη διάρκεια της θεραπείας θα χορηγηθούν φάρμακα που σκοπός τους είναι η λήψη περισσοτέρων ωαρίων από το ένα που συνήθως παράγει μία γυναίκα κατά τη διάρκεια ενός φυσιολογικού κύκλου. Η παρακολούθηση του κύκλου εξωσωματικής γονιμοποίησης γίνεται με την βοήθεια υπερηχογραφήματος το οποίο επαναλαμβάνεται σε τακτά χρονικά διαστήματα συνήθως δύο η τριών ημερών. Με τη βοήθεια του υπερηχογραφήματος οι δόσεις εξατομικεύονται και ο κύκλος προσαρμόζεται στο συγκεκριμένο πρόβλημα κάθε ασθενή. Ο σκοπός μας είναι να επιτύχουμε τουλάχιστον τρία θυλάκια να ξεπεράσουν τα δεκαοχτώ χιλιοστά σε μέγεθος. Σε αυτή τη φάση θεωρούμε ότι και τα υπόλοιπα ωάρια έχουν ωριμάσει και είμαστε έτοιμοι να προβούμε στη διαδικασία της ωοληψίας Πολλές φορές κατά τη διάρκεια του κύκλου εξωσωματικής γονιμοποίησης θα πρέπει να έχουμε και κάποιες αιματολογικές εξετάσεις ορισμένων ορμονών όπως είναι η οιστραδιόλη και προγεστερόνη. Η όλη διαδικασία γίνεται κάτω από την καθοδήγηση του ιατρικού προσωπικού. Ο γιατρός θα πρέπει να είναι σε συνεχή επαφή με συναδέλφους του στο εξωτερικό και λαμβάνει γνώση όλων των νέων δεδομένων που υπάρχουν στο χώρο της υπογονιμότητας.