Η εμπειρία στην διαδικασία αυτή είναι πολύ σημαντική τόσο σε θεωρητικό όσο και σε πρακτικό επίπεδο. Η διαδικασία της εμβρυομεταφοράς γίνεται δύο με τρεις ημέρες μετά την ωοληψία . Σε περιορισμένες περιπτώσεις γίνεται την Πέμπτη ημέρα μετά την ωοληψία. Τα έμβρυα τοποθετούνται στην ενδομητρική κοιλότητα με τη βοήθεια ενός ειδικού καθετήρα που περνά μέσα από τον τράχηλο της μήτρας. Ο αριθμός των εμβρύων που θα μεταφερθούν εξαρτάται από την ηλικία της γυναίκας και έχει βασιστεί στη νομοθεσία που ισχύει από την πρώτη Ιανουαρίου του 2005. Εάν υπάρχει μεγάλος αριθμός εμβρύων αυτά μπορούν να καταψυχθούν και να χρησιμοποιηθούν σε μία μελλοντική προσπάθεια.
Η εμβρυομεταφορά είναι μία ανώδυνη για τον ασθενή διαδικασία και γίνεται κάτω από συνεχή υπερηχογραφική κάλυψη.
Η ασθενής θα πρέπει να έχει γεμάτη την ουροδόχο κύστη για να βελτιώνεται η εικόνα κατά τη διάρκεια του υπερηχογραφήματος.
Η όλη διαδικασία κρατά κατά μέσο όρο δέκα λεπτά και γίνεται σε ειδικό χώρο του χειρουργείου.